Obsedat de răzbunarea împotriva Regelui Jocurilor, Seto Kaiba începe o excavare în Egipt pentru a găsi fragmentele puzzle-ului mileniului, care a păstrat cândva spiritul “omologului Yuugi”. Cu toate acestea, un bărbat camuflat fură două bucăți din Puzzle și dispare înainte ca acesta să poată fi reconstruit. Între timp, aflați acum în ultimul an de liceu, Yuugi Mutou și prietenii săi își fac planuri pentru viitorul lor, fără să fie conștienți de pericolul care îi pândește din apropiere.
Yu☆Gi☆Oh! Partea întunecată a dimensiunilor spune povestea unor forțe răzbunătoare care distorsionează realitatea în orice mod le place. Vor reuși Seto și Yuugi să treacă peste diferențele dintre ei și să salveze lumea, sau propria lăcomie a lui Seto va pune stăpânire pe el?
